La evaluación del proceso se lleva a cabo en dos etapas. La primera consiste en una evaluación interna o autoevaluación llevada a cabo por los propios equipos de coordinación de trasplantes de los hospitales y la segunda consiste en una evaluación externa llevada a cabo por profesionales de la coordinación de trasplantes pero externos a los hospitales que se evalúan.

Fase de Evaluación Interna:
La metodología se basa en el análisis retrospectivo de las historias clínicas de todos los éxitus acontecidos en las Unidades de Críticos (U.C.) de cada hospital (se define como unidad de críticos aquellas unidades con posibilidad de tener algún paciente que pueda fallecer en muerte encefálica, en las que se dispone de capacidad para ventilar al paciente y en las que los pacientes puedan estar ingresados, al menos, durante 12 horas).
El responsable del análisis de las Historias Clínicas y de la remisión de la información a la ONT o a la Oficina de Coordinación Autonómica (en el resto de CCAA) es el Coordinador de Trasplantes del hospital siendo deseable contar con la colaboración del responsable de calidad del mismo centro. La remisión de la información se realiza con una periodicidad trimestral, si bien la periodicidad con la que se han de evaluar las Historias Clínicas la determinará el propio Coordinador de Trasplantes, siendo como máximo trimestral, aunque sea aconsejable que se realice con una periodicidad inferior para evitar la acumulación de historias a evaluar.

Para la recogida de la información se dispone de 3 hojas:
1. Hoja de recogida de datos individuales de muerte encefálica:
• El Coordinador de Trasplantes, tras la revisión de las historias clínicas de todos los fallecidos en las U.C. a evaluar, deberá cumplimentar una hoja por cada fallecido con diagnóstico clínico de muerte encefálica, quedando fuera del estudio los donantes en asistolia y anencéfalos.
• Las hojas se han de remitir de forma trimestral (en los meses de abril, julio, octubre y enero, envíos correspondientes al primer, segundo, tercer y cuarto trimestres).
• En esta hoja se muestra el proceso de detección y donación como un flujo (que ha sido sintetizado en tres puntos identificados con tres preguntas concatenadas), de modo que en el caso de que el fallecido en muerte encefálica no llegue a ser donante real, el proceso sólo puede ser interrumpido en un punto, permitiendo identificar en qué momento se produce la pérdida del donante así como la causa principal de dicha pérdida, que es especificada mediante la selección de un código del anexo que figura en el reverso de la hoja.
• No se precisa de la elaboración de ningún indicador y no hay que realizar, por tanto, ningún cálculo.
• Además, en la hoja de recogida de datos existen dos preguntas independientes del flujo de detección y donación, una referente a si se ha realizado entrevista familiar y otra sobre la petición de autorización judicial en los casos que lo precisen. Así mismo, en la misma hoja se solicitan algunos datos del fallecido referentes a la fecha y causa de defunción, edad, sexo y unidad donde se ha producido el éxitus.

2. Hoja de datos trimestrales referente a las U.C. evaluadas:
De forma trimestral, también ha de remitirse una hoja en que se recoge el número de éxitus que se han producido en cada una de las unidades de críticos del Hospital, así como el número de estos éxitus que han sido identificados como muertes encefálicas y el número de los que llegan a ser donantes reales en cada una de ellas.

3. Hoja de datos hospitalarios anuales:
De forma adicional, hay que enviar con periodicidad anual, coincidiendo con el envío del mes de enero, una hoja en la que se solicitan datos del hospital, para lo que se requerirá de la colaboración de la gerencia. Con la información remitida se construyen en la ONT una serie de indicadores.

Fase de Evaluación Externa:
Es llevada a cabo en cada hospital por 2 evaluadores de fuera del mismo, con el apoyo y ayuda de los Coordinadores de Trasplantes locales.
El requisito para solicitar que un Hospital sea evaluado es que lleve, al menos, un año participando en el Programa de Garantía de Calidad en el Proceso de Donación.
Se realiza con el fin de detectar si el proceso de recogida de información se hace adecuadamente, así como analizar el global de la actividad.

Objetivos de la evaluación externa
1. Contrastar los datos de infraestructura y actividad hospitalaria generales remitidos anualmente por parte de los Coordinadores Hospitalarios de Trasplantes.
2. Evaluar la eficacia del sistema de calidad del proceso de donación-extracción de órganos en los hospitales autorizados.
3. Identificar problemas y cambios a introducir para la mejora continua del sistema de calidad.